1927 yılında Tortum (Erzurum)'da doğdu. İlk öğrenimini Narman İlkokulunda, ortaöğrenimini Erzurum Lisesinde yaptı. 1949-1950 ders yılı kış dönemi sonunda Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih-Coğrafya Fakültesi Felsefe Bölümünden mezun oldu. Necati Öner, iş hayatına Erzurum'da Yeni Erzurum gazetesinde gazeteci olarak başladı; gazeteciliğe Şarkın Sesi gazetesinde devam etti. Bir yıl Erzurum Belediyesi'nde çalıştı. 1953'de Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesine felsefe ve mantık asistanı olarak girdi. Aynı fakültede 1957'de doktor, 1964'de doçent, 1971'de profesör oldu. 1971-1976 yılları arasında, iki dönem İlahiyat Fakültesi Dekanlığına seçilen Necati Öner 15 Temmuz 1993'de dördüncü defa aynı göreve atandı. 1 Temmuz 1994'de yaş sınırı sebebiyle emekliye ayrıldı. Necati Öner asıl görevine ek olarak, Konya Yüksek İslam Enstitüsünde, Hacettepe Üniversitesi Sosyal ve İdari Bilimler Fakültesi ve Atatürk Üniversitesi Edebiyat Fakültesinde felsefe ve mantık dersleri okuttu; 1987'de kurulan Türk Felsefe Derneği'nin kuruluşundan beri başkanlığını yapmaktadır.