1648'de Erzurum'da doğdu. Asıl adı Mehmed olup Erzurum müftüsü Seyyid Mehmed Efendi ile Şerife Hatun'un oğludur. İlk eğitimini babasından aldı. Daha sonra Seyyid Abdülmü'min’ den ve dayısının oğlu İsmâil Efendiden Arapça, Farsça, fıkıh ve fıkıh usulü okudu. Ayrıca, o sıralarda Erzurum yöresinin seçkin âlimlerinden olan <bknz>Şeyh Mehmed Vânî</bknz> Efendinin derslerine de devam etti. İstanbul'a giden ve orada büyük şöhret kazanarak padişah hocalığına kadar yükselen Mehmed Vânî Efendinin isteği üzerine 1664 yılında İstanbul'a , oradan da padişahın bulunduğu Edirne'ye gitti. Burada Vânî Efendiden ders almağa devam etti ve bir müddet sonra da ona damat oldu. Şeyhülislâm Minkârizâde Yahyâ efendinin teklifi ile 40 akçe medreselerinden birine müderris tayin edilmek istendiyse de kayın pederinin müdahalesi üzerine bu görevi kabul etmeyerek hacca gitti. Döndükten sonra Vânî Efendinin aracılığı ile lV. Mehmed'in şehzadesi Mustafa'ya hoca oldu. Ertesi yıl padişah fermanı ile kendisine Mülâzemet verildi. Bundan sonra Feyzullah Efendi ilmiye mesleğinde hızla yükseldi. Haydar Paşa, Üsküdar Mihrimah Sultan, Sahn-ı Semân ve Ayasofya medreselerinde müderrislik yaptı. 1674 te İstanbul kadılığı pâyesiyle Sultan Ahmet Medresesine tayın edildi; 1678 de ise Rumeli kazaskerliği pâyesiyle Şehzâde Ahmedin hocalığına getirildi.

1686 yılında padişaha ait has bahçede at bulundurduğu gerekçesiyle lV. Mehmed tarafından vazifesinden alındıysa da birkaç gün sonra suçsuz olduğu anlaşılınca görevine iade edildi ve kendisine Eyüp kazası arpalık olarak verildi.

7 Kasım 1686 da Nakibül eşraf, lV Mehmed'in hall'i ve ll. Süleyman'ın tahta çıkışından hemen sonra 14 Şubat 1686 da Şeyhülislâm oldu.

Feyzullah Efendinin 17 gün kadar süren bu ilk Şeyhülislamlığından azli askerî bir karışıklıktan kaynaklandı. 2 Mart Salı günü Sadrazam Siyavuş Paşa aleyhine ayaklanan yeniçeriler Siyavuş Paşayı katlettikten sonra Feyzullah Efendiden de Şeyhülislâmlık mührünü alıp kendisini önce Kuzguncuk'ta yalısında oturmaya mecbur etmişler, bir hafta sonra da Erzurum Kazası arpalığıyla memleketi olan Erzurum'a göndermişlerdir. Yedi yıl kadar burada yaşayan Feyzullah Efendi, vaktiyle hocalığını yaptığı Şehzade Mustafa'nın tahta çıkmasının (1695) ardından onun daveti üzerine Edirne'ye gelip ikinci defa Şeyhülislamlığa tayin edildi.(25 Mayıs 1695) ve bu makamda da aralıksız sekiz yıldan fazla kaldı.

Feyzullah Efendinin ll. Mustafa üzerinde büyük nüfuzu vardı. Bundan faydalanarak devlet işlerine müdahale etmeğe , oğullarını ve akrabalarını henüz küçük yaşlarda iken yüksek mevkilere getirmeğe başladı. Hatta Osmanlı tarihinde ilk defa olmak üzere oğlu Fethullah efendinin kendisinden sonra Şeyhülislâm olması hususunda padişahtan bir ferman bile aldı. Bu uygunsuz icraatları ve giderek nüfuzunu daha da artırıp tayinlere , azillere müdahalesi içten içe büyük bir tepkinin oluşmasına yol açtı . Bozuk siyasi ve ekonomik durumun da etkisiyle ulemâ , asker ve nihayet İstanbul yerine Edirne'nin pay-ı taht yapılacağı söylentileri ile tahrik edilen İstanbul halkı ayaklandı(1703)

Tarihlere Edirne Vak'ası veya Feyzullah Efendi Vak'ası adıyla geçen bu isyan önce İstanbul'da başladı daha sonra Edirne'ye sıçradı. Edirne'de bulunan Şeyhülislâm Feyzullah Efendi ve ondan sonra ki aday oğlu Nakîb-ül eşraf Fethullah Efendi görevlerinden alındılar(27 Temmuz 1703) Feyzullah efendi kaçmağa çalışırken Pravadi ’de yakalanarak yarı çıplak vaziyette Edirne'ye getirildi. Feci işkenceler sonunda oğluyla birlikte Batpazarı'nda çırılçıplak bir halde uyuz bir hamal beygirine bindirilip türlü hakaretlerle başları kesilip katledildiler. Feyzullah Efendinin başı bir mızrağın ucuna takılıp asiler tarafından Edirne sokaklarında dolaştırıldı. Cesedi ise ayaklarına ip bağlanarak Hıristiyan keşişlere sürüklettirildi ve parçalanarak Tunca nehrine atıldı. (3Eylül) Daha sonra cesedinin nehirden çıkarılarak Sitti Hatûn Camii civarındaki Abdülkerim Mektebi avlusuna gömüldüğü rivayet edilir.

Dokuz oğlu ve birçok kızı olan Feyzullah Efendinin oğullarından daha sonra Şeyhülislamlığa kadar yükselenler olmuştur. Kızlarını da ünlü ulemâ ve vezir ailelerine mensup kişilerle evlendiren Feyzullah Efendi kaynaklarda güler yüzlü , bilgili , faziletli, zeki, nüktedan, vakur ve yumuşak huylu bir kişi olarak anlatılır. Suyolcuzâde Mustafa Efendiden hatt ve özelikle , nesih dersleri almıştır. Bir divan teşkil edecek kadar şiirleri vardır. Tefsir ve hadis ilimleriyle uğraştığı bilinmektedir. Şeyhülislâmlıkla padişah hocalığını birleştirdiği için “câmiu'r riyâseteyn” unvanıyla da anılmıştır.

Feyzullah Efendinin Erzurum'da camii, medrese, dârulkurrâ, mektep ve hamamı; Şam'da dârulhadis'i ; Edirne'de çeşme ve sebili; Mekke'de mescidi; Medine'de medrese, kütüphane ve muallimhânesi ; İstanbul Fatih'te medrese, kütüphane, mescid, mektep, mullaimhâne, çeşme ve meşrutaları vardır. Feyziyye Dârulhadisi olarak anılan Fatih'te ki külliye halen Millet Kütüphanesi olarak kullanılmaktadır. Feyzullah efendi Medine'de inşa ettirdiği medreseye 3 000 den fazla kitap vakfetmiş, Harem-i şerif ’in genişletilmesi sırasında bu medrese yıkılınca kitaplar Câmiatü Melik Abdilazîz' e alınmıştır. Feyzullah Efendinin bu vakıf tesisleri için hazırladığı vakfiye Süleymaniye kütüphanesinde bulunmaktadır.

Eserleri arasında şunları görmekteyiz; Fetâvâ-yı Feyziyye, Nesâyihu'l mülük, Kitâbü'l -Ezkar, Mecmâa-ı Hikâyât, Letâifnâme, Riyazü'r-rahme, Hâşiye alâ Envâri't- tenzil.